Дизайн:

Смартфоны вообще разные. У Samsung обычно свой дизайн, но в Galaxy S6 немного скопировано с iPhone 6/6s, но и HTC One M9 позаимствовал у iPhone 6/6s дизайн, но и всё равно они разные. Samsung намного тоньше HTC One M9. Samsung, как и обычно в своих смартфонах используют механическую кнопку на передней панели, а HTC со смартфона HTC One M8 используют сенсорные кнопки(у HTC One M7 тоже сенсорные , но там они не на экране расположены).

Samsung Galaxy S6 - 70.5x143.4x6.8 мм, Вес - 157 грамм;

HTC One M9 - 69.7x144.6x9.61 мм, Вес - 138 грамм;

Производительность:

Samsung Galaxy S6 - Samsung Exynos 7420, Количество ядер - 8, Mali-T760 MP8;

HTC One M9 - Qualcomm Snapdragon 810, Количество ядер - 8, Adreno 430;

Дисплей:

У всех  флагманов дисплеи очень качественные и видны со всех углов, поэтому только покажу характеристики:

Samsung Galaxy S6 - цветной AMOLED, 16.78 млн цветов, 2560x1440, 5 дюймов, Число пикселей на дюйм - 576;

HTC One M9 - цветной Super LCD 3, 16.78 млн цветов, 1920x1080, 5 дюймов, Число пикселей на дюйм - 441;

Цвета:

Обычно я их  не сравниваю, но Samsung очень хорошо проявила себя, поэтому +1 к Samsung.

У HTC тоже достаточные красивые цвета, но их меньше чем  Samsung.

Камера:

Samsung Galaxy S6 - 2550 мА⋅ч ;

HTC One M9 - 2840 мА⋅ч ;

Цены: 

Samsung Galaxy S6 - 40 256 руб;

HTC One M9 - 37 990 руб;

Цены поставлены по курсу доллара - 76 рублей. По моему мнения выигрывает Samsung, и в цене они не особо различны, поэтому вам я бы посоветовал Samsung Galaxy S6 или Samsung Galaxy S6 EDGE.